日版和国版叙事结构差异很大，日版7.5分，国版8.5分以上。日版把荆轲登场放在片头，导致嫪毐和吕不韦的故事成为旁支显得冗余，多出一些表现人物滑稽莫名可笑的地方，冲突激于情感表现缺少叙事铺垫。 国版则分出明确5个章节，秦王、刺客、孩子们、赵夫人、刺客与秦王，结构变得清晰，补充或者替换的情节使叙事更为流畅，盲女周迅的黑白闪回画面多次出现，始终缠绕荆轲的梦魇。吕不韦和嫪毐之间的对仗关系充分体现，使得“孩子们”成为情感转折最有力的推动力，各个人物形象都更加饱满。 国版最精彩的变动在结尾，是嬴政自己问出那句“秦王嬴政，你忘了一统天下的大愿了吗？”。